Vuosittain joulukuussa järjestettävässä liiton vuosikokouksessa valitaan liitolle uusi hallitus, joka koostuu jokaisen yhdentoista ainejärjestön edustajasta eli Hol-vastaavasta sekä puheenjohtajakaupungista valituista hallituksen puheenjohtajasta, sihteeristä ja taloudenhoitajasta. Liiton puheenjohtajuus kiertää kaupungeittain järjestyksessä Jyväskylä, Helsinki, Oulu, Joensuu, Tampere, Turku, Jyväskylä jne.
Hallitus käyttää liiton hallintovaltaa vuoden mittaisen kautensa aikana sekä vastaa liiton toiminnasta. Hallitus toimii itsenäisesti, mutta kauden toimintaa linjaa aina liiton vuosikokouksen hyväksymä toimintasuunnitelma ja talousarvio sekä hallituksen ensimmäisessä kokouksessa hyväksytty johtosääntö. Hallituksen kokouksissa päätetään muun muassa liittoa koskevista ajankohtaisista asioista, seurataan kauden tavoitteiden toteutumista sekä vaihdetaan ainejärjestöjen kuulumisia.
Liiton hallitus valitsee aina keskuudestaan työvaliokunnan, joka valmistelee hallituksen kokoukset ja vastaa liiton käytännön asioiden hoitamisesta. Tulevan puheenjohtajakaupungin edustaja toimii vanhan tavan mukaisesti liiton varapuheenjohtajana. Hallitus voi jakaa myös muita vastuualueita jäsenilleen, joihin lukeutuvat esimerkiksi tiedottaja, jäsenetuvastaava ja varainhankintavastaava.
